Identificación genética de recién nacidos en Perú: un estudio piloto / Genetic identification of newborns in Peru: a pilot study

OBJETIVO: Determinar la factibilidad de la identificación genética a un grupo de recién nacidos prove nientes de un hospital público de Lima-Perú. MATERIAL Y MÉTODO: Estudio descriptivo de corte trans versal, realizado por Registro de Identificación y Estado Civil de Perú, en recién nacidos vivos y sus respectivas madres, provenientes del Hospital Carlos Lanfranco La Hoz (Puente Piedra-Lima) du rante el mes de enero del 2015. Las muestras fueron colectadas en tarjetas FTA (Fast Technology for Analysis of nucleic acids) que permitieron un análisis directo por PCR (Polymerase Chain Reaction) y electroforesis capilar de 21 marcadores genéticos de tipo STR (Short Tandem Repeats), incluyendo el marcador amelogenina para la determinación del sexo. RESULTADOS: Se incluyeron un total de 44 madres y 45 recién nacidos (existió un parto gemelar). La probabilidad de maternidad fue mayor al 99.9% en todos los casos. No se encontraron dificultades en la toma de muestra, ni en el transporte del material. El material biológico obtenido fue suficiente para la obtención de ADN para realizar la identificación del recién nacido. CONCLUSIONES: El procedimiento de identificación genética fue factible de realizar en este hospital. Se identificaron etapas del proceso que podrían mejorarse para la posible aplicación de este procedimiento a una mayor escala en el Perú.

OBJECTIVE: To determine the feasibility of genetic identification in a group of newborns from a public hospital in Lima, Peru. MATERIAL AND METHOD: Descriptive cross-sectional study, carried out by the National Registry of Identification and Civil Status of Peru, on live newborns and their mothers, from the Carlos Lanfranco La Hoz Hospital (Puente Piedra, Lima) during January. 2015. The samples were collected in FTA (Fast Technology for Analysis of nucleic acids) cards that allowed a direct analysis by PCR (Polymerase Chain Reaction) and capillary electrophoresis of 21 STR markers (Short Tandem Repeats), including the amelogenin marker for gender determination. RESULTS: 44 mothers and 45 newborns were included (there was a twin birth). The probability of maternity was higher than 99.9% in all cases. There were no difficulties in the sampling or in transporting the material. The obtained biological material was enough to collect DNA to identify the newborn. CONCLUSIONS: The genetic identification procedure was possible to perform in this hospital. Stages of the process that could be improved were identified for the eventual application of this procedure on a larger scale in Peru.

Caracterización molecular de cepas de Klebsiella pneumoniae productoras de BLEE causantes de infección intrahospitalaria en el servicio de neonatología de un hospital de Lima, Perú / Molecular characterization of extended-spectrum beta-lactamase-producing (ESBL) strains of Klebsiella pneumoniae causing nosocomial infections in a neonatal unit in Lima, Peru

Objetivo: Caracterizar por métodos de microbiología y biología molecular siete cepas de Klebsiella pneumoniae productoras de BLEE, de pacientes con bacteremia y sospechosos de pertenecer a un brote de infección intrahospitalaria en el servicio de neonatología de un hospital de Lima-Perú. Material y métodos: Se realizó la genotipificación de los aislamientos por Eric-PCR, Rep-PCR y Electroforesis en Gel de Campo Pulsado (PFGE) con el fin de determinar la relación clonal. El análisis de susceptibilidad antimicrobiana por el método de Difusión de Doble Disco (DDD) mostró que los siete aislamientos eran portadores de a-lactamasas de Espectro extendido (BLEE). Resultados: Los tres métodos de genotipificación, Eric-PCR, PCR-Rep y el método estándar de oro PFGE demostraron relación clonal entre cinco de los aislamientos, revelando que todas pertenecían a una única cepa o clona de K. pneumoniae; mientras que los dos aislamientos restantes también provenían de una misma cepa, pero muy diferente genéticamente a la cepa inicial de 5 aislamientos. Conclusiones: Este estudio revela la transmisión clonal de algunas cepas de K. pneumoniae portadoras de BLEE en el servicio de neonatología de un hospital de Lima-Perú, y pone de manifiesto la utilidad de las técnicas de biología molecular para la investigación de brotes hospitalarios y para la vigilancia epidemiológica. Este es el primer reporte de aplicación del análisis de genotipificación por PFGE a la investigación de brotes hospitalarios de Klebsiella pnuemoniae en un hospital peruano.

Objective: To characterize the molecular features of seven extended-spectrum betalactamase-producing (ESBL) strains of Klebsiella pneumoniae in patients with bacteremia during a nosocomial outbreak in a neonatal unit in Lima, Peru. Methods: Genotyping was performed using Eric-PCR, Rep-PCR and pulsed field gel electrophoresis (PFGE) to evaluate clonality. Disk diffusion test showed that all seven strains were ESBL producing strains. Results:The three-genotyping methods showed that five out of seven strains were genetically related to a single clone. Conclusions: The study represents the first attempt to apply genotyping methods to study nosocomial outbreaks in neonatal units in Lima, and reveals clonal transmission of ESBL producing strains of K. pneumonia.

Experiencias en la vigilancia epidemiológica de agentes patógenos transmitidos por alimentos a través de electroforesis en campo pulsado (PFGE) en el Perú / Experiences in the epidemiological surveillance of foodborne pathogens by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) in Peru

Las enfermedades transmitidas por alimentos (ETA) y otras enfermedades entéricas infecciosas ocurren a menudo como brotes y son causa de morbilidad y mortalidad en todo el mundo. En el Perú, son un importante problema de salud pública y son causados por una gran variedad de agentes infecciosos. Para la investigación epidemiológica se utiliza una variedad de métodos de tipificación. Una de las herramientas más importantes en la subtipificación molecular de patógenos bacterianos es la técnica de la electroforesis en campo pulsado (PFGE), que es un método altamente resolutivo que permite la discriminación entre diferentes aislamientos bacterianos epidemiológicamente relacionados. El Instituto Nacional de Salud (INS) del Perú integra las redes WHO Global Foodborne Infections Network y la Red PulseNet América Latina y Caribe, con quienes comparte los perfiles genéticos de las cepas patógenas aisladas, permitiendo comparar los genotipos de cepas semejantes halladas en diferentes países y reconocer la ocurrencia de brotes epidémicos en la región, fortaleciendo el sistema de vigilancia epidemiológica regional y generando una rápida respuesta conjunta entre países. Se presenta la experiencia de los dos últimos años sobre los avances en la utilización de estas herramientas estratégicas que nos ha permitido caracterizar patrones de genotipo de principales patógenos implicados en ETA a partir de aislamientos recuperados de la red de laboratorios del Perú.

Foodborne diseases and other enteric infections often occur as outbreaks and cause morbidity and mortality all over the world. In Perú, they represent a serious public health problem, and are caused by a great variety of infectious agents. For epidemiological research, a wide array of typification methods are used. One of the most important tools for the molecular subtyping of bacterial pathogens is the Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), which is a highly precise method that allows the discrimination between different bacterial isolates which are epidemiologically related. The Instituto Nacional de Salud del Perú (INS) is part of the WHO Global Foodborne Infections Network (WHO-GFN) and of the PulseNet Latin American and Caribbean Net (PN-AL & C), with whom it shares the genetic profiles of the isolated pathogenic strains, so that it is possible to compare de genotypes of similar strains found in different countries and to identify the occurrence of epidemic outbreaks in the region, strengthening the regional system of epidemiological surveillance and generating a rapid, coordinated response between the countries. We present the two last years´ experience including the advances in the use of these strategic tools that have allowed us to characterize genotype patterns implicated in foodborne diseases from isolates recovered in the laboratory network of Peru.